לצד טקס ברית המילה בעל המשמעות העמוקה ישנו גם הפן הרפואי שבו. מבחינה זו, ברית מילה הינה פעולה כירורגית לכל דבר, וככזו יתכנו בה אותם סיכונים וסיבוכים המוכרים מכל פעולה כירורגית.